唐学李的存在成为马加爵杀人的障碍，因此马决定先除掉他。2月13日晚，马加爵趁唐学李不备用石工锤砸向其头部，杀死唐学李后马用塑料袋扎住唐的头部，藏进衣柜锁好。14日晚，邵瑞杰回到宿舍，因隔壁宿舍同学已经回来他只好回到317室。马加爵趁其洗脚时用石工锤把他砸死。
15日中午，杨开红到 317室找马加爵打牌，马趁机用同一办法将他杀死。当晚马加爵到龚博的宿舍，跟龚博说317室打牌三缺一，将其引到317室后杀死。四人的尸体均被马加爵用黑色塑料袋扎住头部后放入衣柜锁住。据马加爵本人事后指称，当时曾有一广西老乡过来找马加爵打牌，马加爵曾打算将其杀死，因其曾为马加爵到饭堂拿饭，加上马加爵觉得他平时对其不错而没有动手。
15日当天，马加爵到云南省工商银行汇通支行学府路储蓄所分两次提取了350元和100元人民币现金。杀死4人后，马加爵在2月17日带着现金和自己之前制作的假身份证乘坐火车离开。在火车站他的假身份证被警察查到，但由于其案情还未被发现，他得以逃脱并乘坐到广州的火车离开。
2004年2月23日中午13时18分，结束寒假刚返校不久的云南大学北院鼎鑫学生公寓6幢317室两名学生感觉宿舍有异味，遂一起打扫卫生，发现本室一衣柜内有液体流出并带有臭味后，随即向学校宿舍报告，保安撬开后发现四名学生尸体都被藏在宿舍内的四个衣柜里，校方随即向昆明市公安局报警，最终马加爵被依法捕捉并且判处了死刑。
